Pobierz prezentację
Pobieranie prezentacji. Proszę czekać
OpublikowałZdzisław Wilczyński Został zmieniony 9 lat temu
2
Typy analiz z wykorzystaniem mikromacierzy
Ekspresja genów Detekcja mutacji i polimorfizmów Genotypowanie (SNP)
3
Dwie platformy badań mikromacierzowych
Mikromacierze oligonukleotydowe Mikromacierze cDNA
4
Eksperyment na dwóch platformach badan mikromacierzowych
6
Charakterystyka sond stosowanych
do konstrukcji mikromacierzy Komplementarne do konca 3’ transkryptu Bez sekwencji palindromowych Unikatowe czesci danego transkryptu do selektywnego rozróznienia transkryptów niewiele rózniacych sie od siebie: •Geny blisko spokrewnione ze soba •Geny z jednej rodziny genowej •Warianty alternatywnego skladania mRNA
7
Podłoża mikromacierzy
Sztywne Podatne na chemiczne modyfikacje powierzchni Roztwór sondy nie powinien wnikac w podloze ani dyfundowac w nim O niskiej fluorescencji Plastik, szklo pokryte polilizyna lub aminosilanem Podloza pokryte nitroceluloza, nylonem, zelem, filtry nylonowe Modyfikacje powierzchni podloza w celu zwiekszenia zdolnosci absorbowania sondy
8
Techniki nanoszenia sond na mikromacierz
Techniki kontaktowe Narzedzia: igly, pincety, kapilary Objetosc nanoszona na powierzchnie od kilku do wielu nanolitrów Srednica punktu µm Techniki bezkontaktowe Ink-jet Z wysoko rozdzielcza strzykawka polaczona z mikrosolenoidowym zaworem
10
Nanoszenie sond na powierzchnie mikromacierzy
11
Synteza fotolitograficzna in situ sond oligonukleotydowych
typu GeneChip Affymetrix
13
Błędy na różnych etapach eksperymentu
Nanoszenie próbek; różna wydajność nakładania mechaniczne zużycie końcówek różne temperatury i wilgotność PCR różna wydajność Przygotowanie sond odwrotna transkrypcja i znakowanie są etapami które trudno kontrolować degradacja RNA
14
Błędy na różnych etapach eksperymentu
Przygotowanie podłoża Skanowanie i analiza danych inna częstość znakowania przez różne barwniki fluorescencyjne wysycenie pomiaru lokalizacja próbek
16
Zliczanie pikseli
21
Różne barwniki - różne intensywności
Podobne prezentacje
© 2024 SlidePlayer.pl Inc.
All rights reserved.