Biologiczne bazy danych

Prezentacja na temat: "Biologiczne bazy danych"— Zapis prezentacji:

1 Biologiczne bazy danych

2 Tablica PAM250

3 Tablica BLOSUM62

4 Podstawowe bazy sekwencji
European Bioinformatics Institute ( -- sekwencje nukleotydowe i białkowe. Protein Data Bank (PDB) ( -- sekwencje białkowe oraz ich struktury. National Center for Biotechnology Information (NCBI) ( -- ogólne źródło informacji dotyczącej biologii molekularnej. Wiele baz danych, np. genom człowieka.

5 Podstawowe bazy sekwencji, c.d.
SWISS-PROT ( -- baza białek wraz z opisami. DNA Data Bank of Japan ( -- analiza genomów, baza białek wraz z ich strukturą.

6 Jest dużo innych baz w internecie ...
Clusters of Ortologous Groups of Proteins (COGs) ( -- klastry białek będących ortologami (podobne, ale z różnych gatunków). Baza kompletnych genomów ( genome.ad.jp/kegg/catalog/org_list.html)

7 Jak wyglądają rekordy w bazach danych?
Hemoglobina: w PDB (1HGA); w EBI (P01922); SWISSPROT (P01922).

8 Eksperyment: hemoglobina (P01922) – poszukujemy podobnych w:
Wirusy; Archea; Bakterie; Eukarioty. (kilka organizmów)

9 Wielokrotne uliniowienia
Uliniowienie kilku białek z rodziny proteaz. Uliniowienie kilku białek hemoglobiny. Uliniowienie globin (według bazy Pfam).

10 Porównanie hemoglobiny człowieka i ...
Szympansa ; Goryla ; Myszy ; Szczura ; Muszki owocowej.