Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett."— Zapis prezentacji:

1 Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett

2 Kolekcja założona w roku 1995 w Centralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek kierowanym przez prof. Walerię Hryniewicz stanowiącym (po połączeniu z Instytutem Leków) część NIZP, a następnie NIL, w postaci: Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Zakładu Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych Zakładu Mikrobiologii Molekularnej i Samodzielnej Pracowni Wirusologii Zespół prowadzi również dwa Krajowe Ośrodki Referencyjne

3 Kolekcja przez wiele lat finansowana ze środków Ministerstwa Zdrowia jako Specjalne Urządzenie Badawcze MIKROBANK i MIKROBANK-2

4 Znaczenie kolekcji Kolekcja jest unikatowym zbiorem tego typu nie tylko w skali kraju, ale i regionu nie tylko w skali kraju, ale i regionu Centralnej i Wschodniej Europy. Jest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzona na tym obszarze, w której znaczna część szczepów na tym obszarze, w której znaczna część szczepów jest scharakteryzowana pod względem oporności jest scharakteryzowana pod względem oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki, a także na antybiotyki i chemioterapeutyki, a także zbadana metodami biologii molekularnej zbadana metodami biologii molekularnej pod względem wzajemnego pokrewieństwa, posiadanych mechanizmów zjadliwości pod względem wzajemnego pokrewieństwa, posiadanych mechanizmów zjadliwości i oporności na leki i oporności na leki

5 Charakterystyka kolekcji Kolekcja liczy ponad izolatów: międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych) międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych) własne szczepy referencyjne własne szczepy referencyjne szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu zgłaszaniu szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu zgłaszaniu szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów naukowych szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów naukowych a także szczepy wytworzone na drodze manipulacji genetycznych a także szczepy wytworzone na drodze manipulacji genetycznych

6 Bezpieczeństwo kolekcji Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez: utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70 o C) utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70 o C) bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach (każde w innej zamrażarce) bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach (każde w innej zamrażarce) liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych klimatyzację pomieszczenia zamrażarek klimatyzację pomieszczenia zamrażarek wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO 2 wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO 2 monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awarii monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awarii

7 Schemat postępowania z izolatami Wobec przychodzącego materiału: sprawdzana jest czystość mikrobiologiczna sprawdzana jest czystość mikrobiologiczna często potwierdzana jest przynależność gatunkowa często potwierdzana jest przynależność gatunkowa czyniony jest wpis do książki laboratoryjnej czyniony jest wpis do książki laboratoryjnej szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy danych kolekcji szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy danych kolekcji określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub poprzez określenie MIC) określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub poprzez określenie MIC) ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka (metodami serologicznymi oraz z wykorzystaniem analizy DNA (PCR, RT PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja) polegająca na: ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka (metodami serologicznymi oraz z wykorzystaniem analizy DNA (PCR, RT PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja) polegająca na: ustalaniu relacji miedzy izolatami – typowanie ustalaniu relacji miedzy izolatami – typowanie określaniu obecności poszczególnych mechanizmów oporności na antybiotyki, wirulencji itp określaniu obecności poszczególnych mechanizmów oporności na antybiotyki, wirulencji itp

8 Problemy problemy z infrastrukturą informatyczną pogorszenie dostępu do danych za pośrednictwem strony GBIF (?!); dostarczone dane o szczepach są nadal okrojone opóźnienia w indeksowaniu przez GBIF wprowadzonych rekordów

9 Sukcesy i osiągnięcia kolekcja istnieje już 13 lat stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za satysfakcjonujący pracownicy zespołu prowadzą Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Zakażeń (OPTY) współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz konsultacje na potrzeby przeglądów) prowadzimy Narodowy Program Ochrony Antybiotyków

10 Molecular surveillance of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by multiple- locus variable number tandem repeat fingerprinting (formerly multiple-locus variable number tandem repeat analysis) and spa typing in a hierarchic approach. Karynski M, Sabat AJ, Empel J, Hryniewicz W. Diagn Microbiol Infect Dis Nov;62(3): Countrywide molecular survey of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains in Poland. Łuczak-Kadłubowska A, Sulikowska A, Empel J, Piasecka A, Orczykowska M, Kozinska A, Hryniewicz W. J Clin Microbiol Sep;46(9): Molecular survey of beta-lactamases conferring resistance to newer beta-lactams in Enterobacteriaceae isolates from Polish hospitals. Empel J, Baraniak A, Literacka E, Mrówka A, Fiett J, Sadowy E, Hryniewicz W, Gniadkowski M; Beta-PL Study Group. Antimicrob Agents Chemother Jul;52(7): Highly variable penicillin resistance determinants PBP 2x, PBP 2b, and PBP 1a in isolates of two Streptococcus pneumoniae clonal groups, Poland 23F-16 and Poland 6B-20. Izdebski R, Rutschmann J, Fiett J, Sadowy E, Gniadkowski M, Hryniewicz W, Hakenbeck R. Antimicrob Agents Chemother Mar;52(3): Wybrane istotne publikacje w roku 2008

11 Współpraca z KSIB/GBIF w bazie zewnętrznej, z której dane udostępniane są za pośrednictwem GBIF umieszczono informacje o ponad 5000 izolatach bakteryjnych (w tym roku przygotowano ponad 1000 rekordów) dostępne (indeksowane) są 2483 (?!)

12 Sprawy informatyczno - bioróżnorodnościowe Udostępnionych na zewnątrz jest 5169 szczepów (baza mysql na serwerze cls.edu.pl) Dostęp do nich jest możliwy poprzez dwa protokoły: biocase - dostęp poprzez ten protokół jest zarejestrowany w GBIF i KSIB. (Punkt dostępu: Ale… (wyjątki z korespondencji informatyka z biologiem)

13 …nasz serwer …

14

15 ... ma kłopoty z pythonem

16 Na szczęście…

17 tapir…

18 … jest to drugi protokół, poprzez który można [będzie] dostawać się do naszej bazy. Punkt dostępu:

19 Nad sprawami informatyki czuwają…

20

21

22

23 Na koniec trochę agitacji…

24

25

26

27 LOCUS FJ bp DNA linear BCT 01-NOV-2008 DEFINITION Escherichia coli clone 421 extended- spectrum beta-lactamase TEM-167 (blaTEM-167) gene, complete cds. ACCESSION FJ VERSION FJ GI: KEYWORDS. SOURCE Escherichia coli ORGANISM Escherichia coli Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. REFERENCE 1 (bases 1 to 1074) AUTHORS Gharout,A., Brasme,L., Touati,A., Madoux,J., Benallaoua,S. and de Champs,C. TITLE Escherichia coli isolate from hospital environment producing a TEM-type extended-spectrum beta- lactamase in Bejaia, AlgeriaEscherichia coli

28

29

30

31 Wkrótce w kinach film z udziałem dwóch innych gatunków zwierząt…

32 Dziękuje Państwu za uwagę i za współpracę. i za współpracę.Powodzenia!


Pobierz ppt "Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett."

Podobne prezentacje


Reklamy Google