Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone Zjawisko występowania mutacji wzajemnie.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone Zjawisko występowania mutacji wzajemnie."— Zapis prezentacji:

1 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone Zjawisko występowania mutacji wzajemnie zależnych Jest to pozytywna selekcja jednej mutacji uwarunkowana pojawieniem się innej mutacji w innym miejscu. Zgodnie z aktualną hipotezą pozytywnej selekcji darwinowskiej na poziomie molekularnym, mutacje sprzężone odnoszą się do obszarów będących w bezpośrednim kontakcie, związane są z interakcją białko-białko oraz mają na celu zachowanie ogólnych własności strukturalnych i funkcjonalnych cząsteczki (dotyczą elementów biologicznie aktywnego centrum w białku)

2 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone a oddziaływanie wewnątrzcząsteczkowe

3 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone a oddziaływanie międzycząsteczkowe Białko A Białko B

4 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Triada katalityczna trypsyny Triada katalityczna papainy Papaina Trypsyna

5 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University TRYPSYNA

6 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University PAPAINA

7 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Rodzina inhibitorów proteinaz z nasion dyniowaych (45 sekwencji) Rodzina inhibitorów proteinaz typu egliny (25 sekwencji) Rodzina inhibitorów typu Bowmana-Birk (52 sekwencje) Mioglobiny (74 sekwencje) Lizozymy (56 sekwencji) Badania teoretyczne nad występowaniem i charakterystyką mutacji sprzężonych przeprowadzono na następujących niespokrewnionych rodzinach białek homologicznych:

8 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University

9

10

11

12 Relatywny skład aminokwasowy białek typu eglina i inhibitorów proteinaz typu Bowman-Birk

13 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Aminokwasy występujące w zmiennych pozycjach białek typu eglina i rodzinie inhibitorów Bowman-Birk BIAŁKA TYPU EGLINA 8KR43 -EILV 9-ELNQRST44 -DL 10EFMQRST45 -ANS 11FW46 DGM 12P47 GQSTV 13EHQ48 AFHINPV 14LV49 -W 15CILV50 -AFIV 16EG51 -T 17ACKLMSTV52 AEKLMQT 18DGPRST53 DEN 19AGITV54 EFILY 20ADEKLS55 DKLNR 21ADEFKLQVY56 CFILPY 22A57 DEKNQ 23AEKMRV58 R 24AEGKQT59 IV 25-U1IKTVY60 FR 26FIV61 ILV 27EKLQT62 FLWY 28AEKLQRT63 DNVY 29DEHQ64 ADHNT 30KMNRY65 -DEIKLPRV 31PSV66 -AGLNRS 32DEKLNQRS67 -DGNT 33AILVY68 -DFIKLNSTY 34DEKQRST69 IV 35-AINV70 ANTV 36-E71 DKNQRSZ 37-V72 AHIMPTV 38-EHIQY73 -ASV 39-FILTV74 -P 40-LMSV75 -AHKQRSTV 41-P76 IV 42-EHIQRS77 AGT INHIBITORY BOWMAN-BIRK 3-DEKQST35 ADET 4-RSTVY36 C 5-KPST37 DEKLNS 6EGHKPSTW38 ADEFGHKLRST 7AEGKP39 C 8C40 AEGILMV 9C41 CEKP 10DNRS42 ANRSTV 11EFHIKLQRST43 EFHKLRTVY 12ACQ44 DGS 13-ADFIKLMPRSTV45 DEFIMNQSY 14C46 -DPS 15C47 -AGPS 16AKR48 KLMPQR 17S49 CHR 18DEFIKMNQR50 FHIQRSVY 19P51 -I 20AP52 C 21EFIKMQT53 ABEFGLQTVY 22C54 DN 23HQRSTV55 -IMQTV 24C56 DHKNQTY 25AEHMNQRSTV57 -DHIKNRTV 26DNQ58 -FGY 27-IKLMQTV59 -CDI 28GLRV60 -HPTY 29DEFIL61 -ADEGKP 30DEKNQRT62 -AKPQS 31-S63 -MT 32C64 -C 33AHPS65 -DEHKNR 34ADS66 -DENPS

14 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Profile zmienności pozycji w sekwencjach mioglobin i lizozymów

15 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Identyfikacja mutacji sprzężonych za pomocą programu MACAW

16 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Program FEEDBACK – przeznaczenie i interpretacja wyników Program FEEDBACK służy do szczegółowej analizy zestawień sekwencji homologicznych w celu identyfikacji i lokalizacji występujących w nich mutacji sprzężonych. Program dostarcza informacji o występujących aminokwasach we wszystkich pozycjach sekwencji w obecności danego aminokwasu w wybranej pozycji. Wyniki końcowe przedstawione są w postaci tabeli MS Excel Program dostępny jest za darmo.

17 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Corm Location and characterization of correlated mutations occuring in proteins

18 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w białkach typu eglina. Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej egliny C (P01051) Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [–DGNT]D (8)G (9) 10 [–ELNQRST]ETLNQRS Korelacja rozproszona

19 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [DEKQRST]T (10)Q (6) 15 [CILV]CILV 17 [DGPRST]PRST 27 [EKLQT]EQKL 28 [AEKLQRT]KTEQR 30 [KMNRY]NKM 32 [DEKLNQRS]KLSDEN 56 [CFILPY]CIP 68 [–DFIKLNSTY]DFI–KNT Wąski klaster pozycji sprzężonych Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w białkach typu eglina. Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej egliny C (P01051)

20 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [KMNRY]K (6)N (15) 18 [DGPRST]SDGPRT 27 [EKLQT]LEQ 29 [DEHQ]DEQ 33 [AILVY]AILV 35 [–AINV]IV–AN 68 [–DFIKLNSTY]–NSDFIKLS Y Rozległy klaster pozycji sprzężonych Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w białkach typu eglina. Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej egliny C (P01051)

21 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w rodzinie inhibitorów typu Bowman-Birk Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej inhibitora typu Bowman-Birk z soji (P01055) Korelacja rozproszona Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [DEFIL]L (37)E (12) 6 [EGHKPSTW]EGKSTW 13 [–ADFIKLMPRSTV]–AFILPRTM 40 [AEGILMV]AILMVE 48 [KLMPQR]KLMQR

22 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Wąski klaster pozycji sprzężonych Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [–ADFIKLMPRSTV]L (11)M (10) A (8) 4 [–RSTVY]V–SS 5 [–KPST]K–SS 7 [AEGKP]APP 11 [EFHIKLQRST]TEHQS 21 [EFIKMQT]TQEQ Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w rodzinie inhibitorów typu Bowman-Birk Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej inhibitora typu Bowman-Birk z soji (P01055)

23 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Rozległy klaster pozycji sprzężonych Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [AEHMNQRSTV]A (15)V (9) 11 [EFHIKLQRST]EFKLRSHQ 23 [HQRSV]QR 50 [FHIQRSVY]HRSFI Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w rodzinie inhibitorów typu Bowman-Birk Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej inhibitora typu Bowman-Birk z soji (P01055)

24 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w mioglobinach. Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej ludzkiej mioglobiny (P0244, pdb1bzp) Korelacja rozproszona Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [AGPQST]A (6)G (49)N (9) 128 [ABEHQ]QBEHQQ 137 [ILNSV]LLILNSV

25 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Wąski klaster pozycji sprzężonych Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [AEGST]A (7)G (55)S (10) 22 [AEGPSTV]PSTAEGP STV P 26 [EGHKLQ]LQEGH QK Q 27 [ADEFLNT]AENADEF T E 30 [ILMTV]ILIMTVI 53 [ADEGQ]DEQADEGD 54 [ADEILQ]AELDELQE 59 [ADEF]DEADEFE 128 [ABEHQ]QABEH Q Q Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w mioglobinach. Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej ludzkiej mioglobiny (P0244, pdb1bzp)

26 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Rozległy klaster pozycji sprzężonych Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [AMSTV]A (58)S (7) 27 [ADEFLNT]ADEFNTE 31 [GKRS]GKRSR 78 [AKLQ]KALQ 109 [DEGNT]DEGTE 116 [AEHKQST]AEHKQSA 117 [AEKNQS]AEKQSE 122 [BDEN]BDEND Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w mioglobinach. Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej ludzkiej mioglobiny (P0244, pdb1bzp)

27 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w lizozymach Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej lizozymu ze szczura (P00697, pdb5lyz) Korelacja rozproszona Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [GHKNR]G (7)H (31)N (16) 30 [ILMV]MVILMVV 40 [DFKNR]DNNFKNR

28 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Wąski klaster pozycji sprzężonych Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [FL]F (38)L (18) 26 [–ILMV]–ILMVL 33 [AISTV]AISTVA 44 [FIMRTVY]FIMRTVYT 54 [–KRSTY]–KRSTYT 84 [AKNRS]AKNRSS Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w lizozymach Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej lizozymu ze szczura (P00697, pdb5lyz)

29 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Rozległy klaster pozycji sprzężonych Nr pozycji i reszty w nich występujące Sprzężenie z pozycją [–DWY]W (16)Y (36) 13 [–ILM]MIL 15 [–AEKNQRS]RAEKNQ RS 20 [DEGKN]KNDG 27 [–AEGPR]GAEP 44 [FIMRTVY]TFIRTY 46 [GHKNPRTY]RGHNRY 105 [–AGHPQRV]GRV–APQ 109 [DGKNQRST]NGKRST 121 [–HKQRT]THKQR Trzy rodzaje rozmieszczenia pozycji sprzężonych w lizozymach Lokalizację i rozmieszczenie sprzężonych pozycji przedstawiono na przykładzie struktury III-rzędowej lizozymu ze szczura (P00697, pdb5lyz)

30 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University

31 PROFILE ZMIENNOŚCI I MUTACJE SPRZĘŻONE W RODZINACH KINAZ

32 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University

33 Profil zmienności w strukturze trzeciorzędowej. Na podstawie heksokinazy o kodzie pdb 1HKB

34 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Profil zmienności w strukturze trzeciorzędowej. Na podstawie receptorowej tyrozynowej kinazy o kodzie pdb 1IRK

35 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Profil zmienności w strukturze trzeciorzędowej. Na podstawie kinazy o kodzie pdb JAK3

36 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Profil zmienności w strukturze trzeciorzędowej. Na podstawie cAMP zależnej kinazy o kodzie pdb 1ATP

37 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone HKB 181% E50ILMIKVLMCTDE V40LYILAELACV-EH JAK 95% K23KLMKSTCGES-KV-AK-GNR-ILPR R24LSAHCSWDEGIKAQRP Wykryte i przeanalizowane za pomocą programu Corm

38 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone z Ile15. cAMP zależna kinaza o kodzie pdb 1ATP.

39 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone z Val80. Niereceptorowa kinaza tyrozynowa JAK

40 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone z Glu181. Heksokinaza ludzka, o kodzie pdb 1HKB

41 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone z Val102. Receptorowa kinaza tyrozynowa, o kodzie pdb 1IRK

42 Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University WNIOSKI Prawie 50% wszystkich obserwowanych mutacji sprzężonych odnosi się do pozycji oddalonych od siebie (nie są w bezpośrednim kontakcie ani nie oddziałują ze sobą) Sprzężenie rozproszone występuje powszechnie w różnych rodzinach białkowych niezależnie od ich funkcji biologicznej i mechanizmu stabilizacji struktury III-rzędowej Zjawisko mutacji sprzężonych nie odnosi się wyłącznie do oddziałujących ze sobą reszt lub reszt determinujących aktywność biologiczną białka Pozycje wykazujące się sprzężeniem mutacyjnym charakteryzują się często zróżnicowanym zakresem zmienności Przyjęta obecnie hipoteza pozytywnej selekcji darwinowskiej na poziomie molekularnym tylko częściowo tłumaczy mechanizm i sens występowania mutacji sprzężonych


Pobierz ppt "Jacek Leluk, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University Mutacje sprzężone Zjawisko występowania mutacji wzajemnie."

Podobne prezentacje


Reklamy Google