Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Podstawy i zastosowania bioinformatyki Marek Kudła.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Podstawy i zastosowania bioinformatyki Marek Kudła."— Zapis prezentacji:

1 Podstawy i zastosowania bioinformatyki Marek Kudła

2 Sekwencje Nukleotydowe –4 nukleotydy 4 = 2^2 2 bity informacji Aminokwasowe –20 aminokwasów 2^4 < 20 < 2^5 < 5 bitów informacji Widzimy zatem, że przy translacji zachodzi de facto utrata informacji Kodon – 3 nt = 6 bitów -> aminokwas <5 bitów

3 Podobieństwo Sekwencje nukleotydowe –Zawartość identycznych pozycji między dwoma sekwencjami - % identyczności –Długość porównywanych sekwencji –Czy identyczne pozycje są zgrupowane, czy też rozproszone w alignmencie Sekwencje białkowe Wszystkie powyższe, plus: –Podobieństwo pod względem właściwości fizykochemicznych lub kodonów, którymi są kodowane –Reszty na konserwatywnych pozycjach – przewidzianych domenach, miejscach katalitycznych.

4 Alignment Pairwise alignment – ścisłe rozwiązanie możliwe ATTCAGCTCCATGC |||| ||| || || ATTCGGCTACA-GC MSA - multiple sequence alingment ATTCAGCT-CCATGC ATTCGGCT-CCA-GC TTTGAGCTTCCATGC

5 Macierz podstawień PAM BLOSSUM

6 Algorytmy tworzenia alignmentów i wyszukiwania sekwencji Needleman-Wuensch `70 Smith-Waterman `70 dotplot BLAST `90 SSAHA BLAT FASTA

7 NEEDLEMAN WUENSCH Nic. : |

8 Needleman-Wuensch a Smith- Waterman wyjściowo ||||||:|||.||||:||||| |..|:.:..| Smith-Waterman Alignment lokalny Needleman-Wuensch Alignment globalny

9 BLAST

10 Dotplots Sekwencja 1 Sekwencja 2 ATTCA-GCTCCATGCTCCATGC ATTCAGCT CCATGCT

11 Sekwencja z domenami powtórzonymi – to samo białko na obu osiach Drosophila melanogaster SLIT

12 Domeny konserwowane ewolucyjnie Sekwencja na osi horyzontalnej to ludzki antygen powierzchniowy MS2. Sekwencja na osi pionowej to adamalizyna II – metaloproteaza z jadu Crotalus adamanteus. Obie sekwencje posiadają domenę cynkowej proteazy.

13 Wykrywanie egzonów i intronów Sekwencja na osi horyzontalnej – sekwencja nukleotydowa kalmoduliny z Apergillus nidulans translowana w trzech ramkach odczytu. Na osi pionowej – sekwencja białkowa tegoż białka.

14 Regiony niskiej złożoności


Pobierz ppt "Podstawy i zastosowania bioinformatyki Marek Kudła."

Podobne prezentacje


Reklamy Google