Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Komputerowa analiza sieci genowych Agnieszka Olszewska Jacek Ławrynowicz Promotor: prof. Krzysztof Giaro.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Komputerowa analiza sieci genowych Agnieszka Olszewska Jacek Ławrynowicz Promotor: prof. Krzysztof Giaro."— Zapis prezentacji:

1 Komputerowa analiza sieci genowych Agnieszka Olszewska Jacek Ławrynowicz Promotor: prof. Krzysztof Giaro

2 Cele pracy Poznanie metod analizy sieci Wytworzenie oprogramowania do komputerowej analizy sieci Analiza przykładowych sieci przy pomocy wytworzonego oprogramowania

3 Analizowane sieci 1/2 Sieci biologiczne: –Sieci regulacji genowych E. coli –Sieci oddziaływań białkowych H. pylori, C. elegans Sztucznie wyewoluowane sieci regulacji genowych

4 Analizowane sieci 2/2 Sieci społeczne Sieci technologiczne Sieci losowe: –Model Erdős-Rényi –Model Barabási-Albert –Model małego świata –Graf Kroneckera

5 Parametry sieci Poziomy analizy sieci: –Pojedyncza sieć –Populacja sieci –Zbiór populacji sieci Parametry skalarne, wektorowe, statystyczne

6 Parametry – pojedyncza sieć Stopień wierzchołka (rozkład)

7 Parametry – pojedyncza sieć Współczynnik klasteryzacji –Rozkład – Średnia 0,02 – GRN E. coli 0,28 – sieć BA

8 Parametry - pojedyncza sieć Współczynnik selektywności Sieć Współczynnik selektywności sieci rzeczywistej Średni współczynnik selektywności 100 sieci losowych o analogicznej wielkości Sieć regulacji genowych E. coli-0,330 Sieć interakcji białkowych C. elegans-0,16-0,005 Sieć interakcji białkowych H. Pylori-0,22-0,004 Sieć WWW STUBA0,730,002 Sieć społeczna WikiVote0,10

9 Parametry – zbiór populacji Średnica Ścieżka charakterystyczna

10 Parametry – zbiór populacji Współczynnik selektywności Współczynnik klasteryzacji

11 Porównywanie sieci Porównywanie parametrów sieci SiećWspółczynnik klasteryzacji Współczynnik selektywności ŚrednicaŚcieżka charakterystyczna Sieć interakcji białkowych C. elegans 0,06-0,164,615 Sieć interakcji białkowych H. pylori 0,08-0,224,9514

12 Porównywanie sieci Graflety Rozkłady stopni grafletów Wartości średnie Ocena metody Typ średniejWartość średniej Średnia arytmetyczna0,596 Średnia geometryczna0


Pobierz ppt "Komputerowa analiza sieci genowych Agnieszka Olszewska Jacek Ławrynowicz Promotor: prof. Krzysztof Giaro."

Podobne prezentacje


Reklamy Google