Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

LOGO Identyfikacja genów zależnych od czynnika transkrypcyjnego NFκB, na których ekspresję ma wpływ czynnik transkrypcyjny HSF1 Patryk Janus.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "LOGO Identyfikacja genów zależnych od czynnika transkrypcyjnego NFκB, na których ekspresję ma wpływ czynnik transkrypcyjny HSF1 Patryk Janus."— Zapis prezentacji:

1 LOGO Identyfikacja genów zależnych od czynnika transkrypcyjnego NFκB, na których ekspresję ma wpływ czynnik transkrypcyjny HSF1 Patryk Janus

2 Company Logo Problem naukowy Czynniki transkrypcyjne NFκB i HSF1 są kluczowym elementem odpowiedzi na stres komórkowy

3 Company Logo Model badawczy U2-OS  Ludzkie komórki kostniako – mięsaka (osteosarkomy) a) typu „dzikiego” (wild type): brak aktywacji HSF1 i niskim poziom białek HSP70i w normalnych warunkach hodowli in vitro (37°C, 5% CO2) aktywacja HSF1 i akumulacja białek HSP70 pod wpływem szoku termicznego (hodowla w 43°C przez 1h) ekspozycja na cytokinę TNFa w sposób „standardowy” indukuje aktywację szlaku sygnałowego zależnego od NFkB b) z nadekspresją konstytutywnie aktywnego „transgenicznego” czynnika HSF1 (tgHSF1): sekwencja kodująca HSF1ΔRD (białko HSF1 z delecją domeny regulatorowej ΔRD) wprowadzona do komórek U2OS na drodze stabilnej transfekcji retrowirusowej (w wektorze pLNCX2)

4 Company Logo Przebieg eksperymentu i analiza wyników Stymulacja komórek cytokiną TNFα (30’) Izolacja RNA 1h po zakończeniu stymulacji cytokiną TNFα Synteza cDNA Ilościowa analiza ekspresji genów regulowanych przez NFkB z użyciem zestawu mikroreakcji RT-PCR (PCR Array) 35 Dodatkowa analiza wybranych genów metodą RT-PCR

5 Company Logo PCR Array

6 Company Logo Analiza danych - optymalizacja IL-8  U2-OS WT, kontrolaIL-8  U2-OS WT, 1h po TNFa

7 Company Logo Analiza danych - optymalizacja przed przeskalowaniem po przeskalowaniu

8 Company Logo Standaryzacja IL-8  U2-OS WT, kontrola przed przeskalowaniem IL-8  U2-OS WT, kontrola po przeskalowaniu

9 Company Logo Redukcja szumu

10 Company Logo Punkty odcięcia Gens crossed with base line [500] 'IL1B' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'IL6' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'IL8' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'FOS' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'GAPDH' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] GensExp crossed with base line [500] 'IL1B' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'IL6' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'IL8' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'FOS' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] 'GAPDH' [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ]

11 Company Logo Punkty odcięcia

12 Company Logo Poziom ekspresji Poziom ekspresji (E) w odniesieniu do kontroli: E = 2 –ΔCt ΔCt = cycleExp - cycleCtr

13 Company Logo PCR-Array – wyniki: Poziom ekspresji w stosunku do kontroli w danej linii komórkowej

14 Company Logo PCR-Array – wyniki: Poziom ekspresji w stosunku do kontroli w linii U2-OS WT

15 Company Logo PCR-Array – wyniki: Poziom ekspresji w stosunku do kontroli w danej linii komórkowej

16 Company Logo PCR-Array – wyniki: Poziom ekspresji w stosunku do kontroli w linii U2-OS WT

17 Company Logo PCR-Array Vs RT-PCR: PCR ARRAY RT-PCR Poziom ekspresji w stosunku do kontroli w danej linii komórkowej Poziom ekspresji w stosunku do kontroli w linii U2-OS WT

18 LOGO Dziękuję za uwagę


Pobierz ppt "LOGO Identyfikacja genów zależnych od czynnika transkrypcyjnego NFκB, na których ekspresję ma wpływ czynnik transkrypcyjny HSF1 Patryk Janus."

Podobne prezentacje


Reklamy Google